朱标是朱元璋的长子，母亲是马皇后，朱棣是朱元璋的第四子。建文四年朱棣即位时对外宣称生母是马皇后，但历史上一些史学家认为朱棣的母亲是朱元璋的妃子，之所以说自己是马皇后的儿子，是为了让自己这个皇帝显得名正言顺。这也是朱元璋更偏向于朱标的原因之一。
其实，朱棣的能力不在朱标之下，甚至不输朱标的儿子朱允炆，但朱元璋还是让自己的嫡孙继位，这就牵扯到名正言顺的问题了。
除此之外，朱元璋也考虑到其他诸多的问题，但总共归结起来就两点。
一，嫡长子继承制。在朱元璋的思维里，皇位向来是传嫡不传贤，所以哪怕朱棣在军事上有着卓越的才能，哪怕他上战场厮杀的气势像极了当初的自己，朱元璋也不会为了朱棣而打破这一规矩。
换句话说，这其实也是为了朱家江山的稳固。历朝历代，为皇位父子相残，六亲不认的例子并不少，而嫡长子继承制虽然有很多弊端，但不可否认的是这种一出生就确定了未来继承人的方式，在一定程度上也规避了很多风险。
其实，朱元璋并不是不喜欢朱棣，相反，朱棣是众多儿子中和他最像的一个，他自然颇为欣赏，不过这并不会让他因此改变主意。朱元璋对朱棣更多的是忌惮。尤其在朱标死后，他的孙子朱允炆身上更多的是文人书生气质，所以朱元璋很是担心自己死后朱允炆会镇不住朱棣。
朱元璋更偏向嫡子这一脉还有一个重要的原因就是马皇后。
朱元璋和自己的原配是患难夫妻，朱元璋出身贫苦，但马氏却一直不离不弃。当皇帝之前，有一次朱元璋因郭子兴儿子的挑拨离间被郭处罚，关了禁闭，还罚他不许吃饭。当时，马皇后作为媳妇，自然非常着急，偷偷从厨房拿了一个刚出锅的馒头，准备给朱元璋送过去。可在马氏送馒头的途中，遇到了义母张氏，也就是郭子兴的妻子。为了不让她发现自己给丈夫偷着送饭，马氏就将馒头揣进了怀里，结果，前胸都给烫伤了。
所以，平定天下后，哪怕后宫佳丽三千，马皇后依然有着不可动摇的地位。而作为马皇后的孩子自然也深得朱元璋宠爱，原配的儿子自然和其他嫔妃感情更深厚些。
二，明朝那时刚刚建立，生灵涂炭，万里江山依然千疮百孔，此刻需要休养生息，而朱棣长年打仗，煞气太重，朱元璋担心朱棣继位后采取的方式不利于国家发展，相反自己的孙子朱允炆仁慈善良，一定会采取仁政管理天下。相比之下，虽然朱棣更有才能些，但在朱元璋心里管理国家的人选是朱允炆。毕竟他在世时对大臣们施行的郑策颇为严苛，这时候朱允炆的脾气和秉性正好和之前的互补。
综上所述，朱元璋并没有不喜欢朱棣的意思，只是相比之下他比较偏向自己和原配的孩子朱标，这不仅仅是因为对嫡长子继承制的依赖，根深蒂固的思想，还因为他们是皇后的孩子。当然，在考虑这些原因之外，朱元璋还要对朱氏王朝负责，在他看来，朱棣或许更适合打天下，而无论是朱标还是朱允炆都比朱棣更适合管理这个国家。其实朱元璋也比较欣赏朱棣的谋略，还认为他是所有儿子中最像自己的一个，但奈何亲情抵不过现实的残酷。不过后来，朱棣顺利登上王位后，也用实力证明了他这个皇帝的称职，只不过这一切都要靠自己争取的。
