克蕾儿和莫依菈动身前往工厂寻找尼尔，在协力搬起切换场景的闸门前，右侧的墙壁上有【绘画1】。随后一路向正前方跑，在包裹着帆布的铁门处朝上看，可在远处的建筑上发现【徽章1】。来到杂草丛生的工厂外，这里有三幢建筑，正前方和右侧的分别被视网膜扫描装置和普罗米修斯的雕像挡住。调查雕像后，写有俄文的加工厂就会开门（视网膜装置的大门左侧有【军用箱1】，装着“机关枪弹药盒”）。
加工厂内分为两层，除了需要钥匙和视网膜扫描的房间外，还有不少地方是反锁的，因此一开始可以探索的区域有限。值得注意的是这里的一些污染者在被击倒后会变成爆炸者再度起身，因此要留个心眼。先来到2楼， 在中央挂着一面旗帜的位置上方有【徽章2】，厕所有敌人的隔间内则藏着【绘画2】。进入亮着红灯、有五角星标志的双开门，天花板上遍布尖刺，中央的两座雕像上则分别挂着眼珠和钥匙。先拿下“人工眼珠”并保持蹲姿，让天花板机关启动，待其压坏右侧的雕像后立刻放回眼珠，这样就能拿走“加工厂钥匙”。出门离开时走廊两侧原本反锁的房间会冲出不少敌人（也可以主动破窗而入），其中蓝色门的房间内有放着零件“集中”的【军用箱2】。用钥匙开启1楼有五角星标志的双开门，刚跳到下层就会被红外线锁定，此处需要用莫依菈的手电照射，沿着地面上的脚印路线走，否则会被击杀。靠近雕像拿取“玻璃眼珠”，这样就能把先前拿钥匙房间里的“人工眼球”换下来了。进入2楼那间需要视网膜扫描的房间，茶几上有麦格农329型，调查尸体则能得到“肝模型（右）”和“食物加工厂地图”。
加工厂的探索告一段落，进入先前需要视网膜扫描的屠宰场，在拿到文件《工厂厂长日志2》隔壁那间有油桶的房间，墙上隐藏着【绘画3】。来到下层后，在熔岩喷发者出现的走廊有【军用箱3】，里面是“扩充背包（克蕾儿）”。用莫依菈撬开门上的铁条（门边的箱子内有【徽章3】），最深处又是一个暗藏机关的房间。拿下“屠宰场钥匙”后，旋刃机关就会启动，这里有两种处理方法——①让AI同伴留在房间外，拉下开关就可以开启上锁大门；②两人一起进入房间，等机关启动后下蹲避过两个旋刃，双人协力爬上高台，让莫依菈到屋外开门——台上还有装着稀有零件“武器射速等级3”的【军用箱4】，但是时间较为紧张，考验玩家的开锁速度。进入吊着大量猪肉的区域、有五角星标志的双开门，另一块肝脏模型就在绞肉机的肉槽中，此处需要到隔壁房间启动输送带，趁猪肉到达绞肉机上方时用枪击落，4次过后就可以把“肝脏模型（左）”顶出来。注意中途会有杂兵出来干扰，开关房间角落的【军用箱5】里还有零件“弹量等级3”。
