1492年，格拉纳达随着自己的末代苏丹停止抵抗。根据双方协议，居民依旧保有宗教自由，伊斯兰教法似乎也可以部分保留。双王并不赞成对非基督徒采取强制武力改宗的做法，主张尊重他们的权益，希望慢慢软化和感召。
但是由于国内高涨的民族情绪和激进宗教人士压力，摩尔人被迫做出选择：坚持信仰伊斯兰教者需要自动离开西班牙。而只有皈依基督教，才能保留在西班牙的财产。于是一些格拉纳达的上层贵族和仅求保命的农民，选择在表面上归顺基督教。这些摩尔人被西班牙人称为摩里斯科人，意思是小摩尔人。
矛盾爆发
早期的摩尔人被保留了大部分生活习惯
摩里斯科人只是在表面上皈依了基督教，但极其不情愿地履行着最低限度的宗教义务。对于下层民众而言，很多人除了双王的名字之外，基本上不怎么和卡斯蒂利亚人和阿拉贡人交流，语言上与基督徒邻居有巨大隔阂。他们在饮食上不吃猪肉，继续实行割礼。凡此种种都让基督徒感到隔阂和警惕。
在摩里斯科人的孩子受到洗礼之后，他们会将孩子身上的圣水洗干净。他们也会按照要求，以基督教的仪式举行婚礼。但是在回到家后，则按照伊斯兰教的方式再举行一次。由于和流亡到北非的摩尔人语言相通，所以摩里斯科人的城市成为了巴巴里海盗在西班牙的陆上基地，方便海盗们深入陆地展开行动。
在西班牙主教面前改宗的 摩里斯科人
在发现摩尔人的身在曹营心在汉后，西班牙人对他们采取了更加严厉的制裁措施。比如要求摩里斯科人穿西班牙人的礼服和马裤，减少洗浴次数等等。
在历经了互不信任的比邻生活后，社会矛盾在16世纪60年代彻底爆发。不断的对外胜利和殖民开扩，让西班牙有底气对待这些不同信仰的非我族类。包括废除面纱、阿拉伯语和古兰经，并逼他们学习圣经等等。1567年，作为加强同化的策略之一，西班牙国王菲利普二世下令拆除了有宗教和历史意义的阿尔布拉罕浴场。这一做法非常严酷，是对摩尔人的进一步强制同化政策。最后整个阿普加拉斯地区的摩里斯科人全部武装起来。他们拥戴科尔多瓦哈里发的后裔，赫尔南多-德-巴洛尔为国王，领导摩里斯科战争。
双方的矛盾最终成为 摩里斯科战争
阿普拉加斯地区是摩里斯科叛乱者的天堂。在大海和内华达山脉之间，有一片长19英里，宽11英里的连绵不绝的高地。这里的摩尔风俗因地理隔绝保持的十分完整，连最有勇气的传教士都不敢深入当地。这给了很多安达卢西亚诸侯后裔以秘密的活动基地，自然成为了摩里斯科起义的核心地带。
面对西班牙人的扫荡，摩尔人从1568年起大肆报复。他们亵渎教堂、攻击圣母像、杀死神父、对基督徒施加酷刑、将妇女儿童卖到北非为奴隶，还邀请巴巴里海盗和奥斯曼军队登陆。最先帅军平叛的蒙德哈尔侯爵。带领4000人进入战区，很大程度上压制了暴乱。但在朱比尔斯意外发生的大屠杀和在拉勒尔 斯的背叛行为，让战火再度重燃。最后在唐-胡安的镇压下，这个以不宽恕为座右铭的年轻将领对摩里斯科人厉行镇压策略。
勒班陀之战的主帅唐-胡安 也是平定摩里斯科人的悍将
经历了一系列残酷的焦土政策和游击战后，西班牙陆军成功镇压了反抗。摩尔人在阿普拉加斯的村寨被系统性的清洗。藏在山里的摩尔人穴居被西班牙人放毒烟或者投毒。最后的结果是很多涉嫌参与叛乱的摩尔人被发配到基督徒的社区散居，被俘的起义者被处死或者发配为奴。
1609年，菲利普三世下达了最后的逐客令。西班牙人逼迫所有异教徒份子登上准备好的船只，集团送往北非。在接下来的一年里，又有巫术摩尔人离开了西班牙。他们告别了熟悉的定居和农耕生活，在短期内被北非同胞视为西班牙人，这一结局简直是里外不是人。历史悠久的摩尔社区彻底不复存在，剩下的个别人只能隐姓埋名、隐藏身份，被主流社会同化或者遗忘。这一过程造成了50万摩尔人流亡或者死亡。
莫里斯克人的南部起义 最终被镇压下去
北非海狼
大量的摩里斯科人被西班牙驱逐到北非
在大航海时代的欧洲人眼中，旧世界之外的淘金之地除了美洲新大陆，还有地中海的西部和南部。这里的穆斯林政权，接纳了大量被西班牙人逐出的犹太人和摩里斯科人。穆斯林统治者们乐于接纳基督教叛教者和各种来路的海盗，以收取贡品和瓜分战利品的方式为巴巴里海盗提供保护。
早期的摩尔海盗主要使用的是较小而灵活的双桅帆船。每艘船配10名船员和桨手，在无风的时刻通过划桨快速进退。他们的习惯挂上意大利城邦或者其他欧洲国家的旗帜逼近目标，使之放松警惕。或者在礁石背后伏击经过商船，凭借速度优势靠近目标船只，迅速爬上敌船甲板。
